上集視頻介紹了DNA的復制性和突變性,DNA數據經(jīng)過(guò)了自然選擇才能進(jìn)化成遺傳信息。這一集分析DNA的操控性,DNA通過(guò)控制蛋白質(zhì)的合成,控制生物的生長(cháng)發(fā)育等活動(dòng),從而形成生命的系統。
生物與非生物的區別是有無(wú)生命,生命的分子生物學(xué)定義是:生命是由核酸和蛋白質(zhì)相互作用產(chǎn)生的,從環(huán)境中獲取物質(zhì)、信息和能量以維持自身平衡的復雜系統。DNA通過(guò)操控蛋白質(zhì)的合成來(lái)控制生物的功能和表型,生產(chǎn)每個(gè)蛋白質(zhì)所需的DNA序列稱(chēng)為基因,基因是遺傳信息的基本單位。
基因變成蛋白質(zhì)要經(jīng)過(guò)轉錄和翻譯兩個(gè)步驟,從DNA上拷貝基因遺傳信息的過(guò)程叫轉錄,按照遺傳信息合成蛋白質(zhì)的過(guò)程叫翻譯。所有的生物從DNA到蛋白質(zhì)都共用同一套轉錄翻譯體系,稱(chēng)為中心法則。
基因由編碼區和非編碼區組成,編碼區是翻譯成蛋白質(zhì)的DNA序列,從起始密碼子開(kāi)始到終止密碼子結束,是基因的功能單位。非編碼區是轉錄調控相關(guān)的DNA序列,是控制基因的開(kāi)關(guān),包括位于編碼區上游啟動(dòng)基因轉錄的啟動(dòng)子,位于編碼區下游終止轉錄的終止子;還有一些能與特定的信息分子結合,調控基因表達的DNA序列,比如增強轉錄的增強子,抑制轉錄的沉默子等?;虻霓D錄和翻譯都有明確的起點(diǎn)和終點(diǎn),基因的表達受到嚴格的控制。
細胞中表達的基因分為兩類(lèi):⑴一類(lèi)是維持細胞基本生命活動(dòng)所必須,稱(chēng)管家基因,以組成型方式在所有細胞中表達,表達產(chǎn)物為結構蛋白,結構蛋白能維持機體的形態(tài),是構成生物體的重要成分。另一類(lèi)是奢侈基因,只在特定的細胞中表達,對細胞分化有重要影響,奢侈基因的表達產(chǎn)物通常為功能蛋白,比如催化蛋白、運輸蛋白、免疫蛋白,這類(lèi)基因與各類(lèi)細胞的特殊性有直接的關(guān)系,比如肌肉細胞的肌動(dòng)蛋白、紅細胞的血紅蛋白等。這些基因的特異表達決定了生物的發(fā)育、分化、衰老。正常細胞中只有5%的基因處于轉錄活性狀態(tài),大多數基因處于不表達的關(guān)閉狀態(tài)。
原核生物主要通過(guò)轉錄調控基因的表達,原核生物的細胞和外界環(huán)境直接接觸,環(huán)境因子往往是調控的誘導物,能開(kāi)啟或關(guān)閉某些基因的表達。在大腸桿菌中負責乳糖的分解的一組基因稱(chēng)為乳糖操縱子,當培養基中沒(méi)有乳糖存在時(shí),調節基因合成阻遏蛋白,結合于乳糖操縱子調控區域,乳糖基因被抑制,不能合成乳糖分解的三種酶;
當環(huán)境中有乳糖存在時(shí),乳糖和阻遏蛋白結合,阻遏蛋白失去阻遏作用,乳糖操縱子被誘導開(kāi)放合成分解乳糖的三種酶。乳糖被分解后,又造成了阻遏蛋白與調控區域結合,使乳糖基因關(guān)閉。乳糖操縱子的這種調控機制稱(chēng)為可誘導的負調控。
與原核生物的轉錄調控相比,真核生物的轉錄和翻譯兩個(gè)過(guò)程分別在細胞核和細胞質(zhì)中進(jìn)行,基因表達調控具有更多的層次性,從染色質(zhì)結構,轉錄和翻譯等過(guò)程中都有復雜的調控機制?;蛟跁r(shí)間、空間上有序表達,決定了真核生物的生長(cháng),發(fā)育和分化,并能對環(huán)境的刺激作出反應,形成復雜的基因表達調控網(wǎng)絡(luò )。
羅伯特·維納于1948年發(fā)表了《控制論: 動(dòng)物和機器中的控制與交流》,該書(shū)是控制論誕生的標志。就像生物根據周?chē)h(huán)境的變化自行調整基因的表達,控制論是研究系統在變化的環(huán)境條件下如何保持平衡狀態(tài)的科學(xué)。我國著(zhù)名科學(xué)家錢(qián)學(xué)森將控制理論應用于工程實(shí)踐,于1954年出版了《工程控制論》。生物控制論、工程控制論、經(jīng)濟控制論和社會(huì )控制論之間存在著(zhù)類(lèi)比關(guān)系,控制論的思想和方法已經(jīng)滲透到幾乎所有的自然科學(xué)和社會(huì )科學(xué)領(lǐng)域??刂普?、信息論和系統論,被稱(chēng)為三論,是現代高新科技發(fā)展和創(chuàng )新的理論基礎。
控制論首先需要明確系統的輸入和輸出,輸入和輸出可以是信息,比如生物感知外界環(huán)境信息的過(guò)程稱(chēng)為輸入,按一定模式進(jìn)行處理,產(chǎn)生相應的生物行為反作用于外界稱(chēng)為輸出。其次根據系統的輸入輸出變量,找出它們之間存在的函數關(guān)系,建立系統模型,進(jìn)行信息的變換和處理。
建立模型的關(guān)鍵是反饋,當遇到復雜的環(huán)境條件時(shí),系統往往不能直接推導出準確的模型,而必須利用輸入和輸出數據做反向推演,即通過(guò)測量當前的輸出,把它與預期值相比較,當兩者存在偏差時(shí),需要重新計算并求出控制信號,驅動(dòng)輸出向期望值運動(dòng)。根據反饋對輸出影響的性質(zhì),可分為正反饋和負反饋,前者增強系統的輸出;后者減弱系統的輸出。在基因的表達調控中,激活蛋白是激活轉錄的正調控,阻遏蛋白是沉默轉錄的負調控。
系統控制的關(guān)鍵是在變化環(huán)境的條件下,根據信息與反饋建立模型,根據輸入進(jìn)行合理的輸出,從而維持系統的平衡。生物是DNA為適應環(huán)境而建立的模型,信息和反饋是生物進(jìn)化的基礎,信息來(lái)源于DNA復制和變異產(chǎn)生的數據,反饋來(lái)自于生物進(jìn)化的物競天擇,適者生存,淘汰不適應環(huán)境的生物個(gè)體,保留適應環(huán)境的生物個(gè)體,實(shí)現物種的優(yōu)化。1975,霍蘭德用數學(xué)計算的方法模擬了生物進(jìn)化的過(guò)程,提出了遺傳算法,遺傳算法是一種搜索最優(yōu)解的計算模型,已被廣泛地應用于信號處理、機器學(xué)習和人工智能等領(lǐng)域。
生物的表型,是DNA通過(guò)轉錄和翻譯,控制蛋白質(zhì)的合成所表現出來(lái)的,如果把基因到表型的對應關(guān)系看做輸出函數,有些基因和表型是單基因控制的、線(xiàn)性傳遞關(guān)系,有些基因與表型是非線(xiàn)性傳遞關(guān)系,存在多對基因控制一個(gè)表型,和一對基因控制多個(gè)表型的情形,基因和表型對應的輸出函數遠比我們想象的復雜。如果基因比作象棋中的棋子,車(chē)馬炮等每個(gè)棋子都有不同的功能和走棋規則,DNA存儲的不僅是棋子一樣的基因,還包括像深藍電腦或阿爾法狗一樣的智能程序,能根據環(huán)境的刺激,開(kāi)關(guān)特定基因的表達,生物才能實(shí)現與環(huán)境對弈的功能。
在生物誕生之后的35億年,地球的環(huán)境發(fā)生過(guò)滄海桑田、翻天覆地的變化,經(jīng)歷過(guò)冰雪覆蓋、火山爆發(fā)、小行星撞擊等各種大事件,但生物至今在地球上繁衍生息,蓬勃發(fā)展,在與惡劣的生存環(huán)境對弈過(guò)程中,DNA操控的生物始終屹立不倒,勝天半子。
總之,DNA的穩定性和存儲性是物質(zhì)基礎,DNA的復制性、突變性是信息基礎,DNA的操控性是控制和反饋的基礎,五種性質(zhì)共同成為構建生物模型的最底層架構。